این گمرک به عنوان بزرگترین گمرک فعال خاورمیانه در نظر گرفته می‌شود که با ارائه خدماتی نظیر ترخیص بار هوایی، انتقال و انبارهای مجهز به امکانات بالا توانسته است حجم بالایی از کالاها را دریافت کند .

ترخیص کالا فرودگاه امام با انجام گام به گام مراحلی مانند دریافت اظهارنامه کالا، تخصیص ارز، پرداخت تعرفه گمرکی، اخذ مجوزات لازم ، دریافت شماره کوتاژ و در نهایت ترخیص کالا انجام پذیر است.

کلیه کالاهایی که به عنوان کالاهای مجاز در گرفته می‌شوند، از گمرک امام خمینی قابل ترخیص است. همچنین کالاهایی که محدودیت شرعی دارند، با رعایت قوانین و اخذ مجوزات لازم، می‌توانند از گمرک امام ترخیص شوند.

موقعیت بسیار مناسب گمرک امام ‌در روند ترخیص کالا از گمرک بسیار تاثیر گذار است. همچنین در گمرک امام با کاهش مدت زمان نگهداری کالا، محموله ها به سرعت از گمرک ترخیص می‌شوند، که این مورد دلیل اصلی انتخاب گمرک امام می‌باشد.

هزینه ترخیص کالا از گمرک امام به عوامل متعددی بستگی دارد که از جمله این عوامل می‌توان به حجم و مقدار کالا، نوع کالا و همچنین هزینه انبارداری اشاره کرد. علاوه بر این موارد هنگام محاسبه هزینه ترخیص کالا بایستی به حقوق و تعرفه گمرکی که یکی از هزینه های اصلی ترخیص کالاست، توجه داشته باشیم.